L’Estonia è entrata nell’Unione Europea il 1° maggio 2004. Rispetto agli altri Paesi di nuovo accesso, l’Estonia è stato il solo a non richiedere deroghe all’applicazione degli obiettivi di recupero e riciclaggio stabiliti dalla prima Direttiva europea (94/62/CE), per cui questi risultavano vincolanti già alla data di adesione. Il Paese pensava infatti di poter conseguire tali obiettivi facendo affidamento su un più massiccio ricorso al recupero energetico rispetto agli altri Paesi candidati. Gli obiettivi previsti non sono tuttavia stati raggiunti. Al paese è stato quindi successivamente concesso il termine del 2012 per il completamento degli obiettivi della seconda direttiva.
Nell'agosto del 2010 è stato pubblicato un rapporto che specifica i motivi per cui l'Estonia non ha rispettato gli obiettivi imposti: scarsa applicazione delle norme, pochi contenitori per la raccolta a servizio della cittadinanza, mancanza di consapevolezza nella popolazione, free-riders difficili da indentificare. Per questi motivi le autorità hanno affermato che il deposito obbligatorio resta l'opzione preferita per il corretto recupero e riciclo degli imballaggi: è più trasparente e più facile da far rispettare. Si segnalano comunque problemi di applicazione del deposito obbligatorio nelle zone di confine.