La dichiarazione annuale sull'immesso deve essere presentata entro il 28 febbraio dell'anno successivo a quello in esame. Le aziende di nuova adesione sono tenute a inviare la dichiarazione entro un mese dalla data in cui è stato firmato il contratto.
Sulla base dei dati riportati nella dichiarazione annuale dell'immesso dell'anno precedente, Ecoembes emette quattro fatture trimestrali relative al pagamento del fee per l'anno in corso. Le rettifiche dei dati dell'immesso si saldano con nota di accredito o ulteriore fattura, nelle prime due settimane di marzo di ogni anno.
Il contributo è assoggettato a IVA.
In caso di dichiarazioni semplificate e di importi inferiori ai 400 euro, ECOEMBES emette un'unica fattura nel mese di marzo.
Al fine di ridurre i costi amministrativi e bancari, le società estere sono autorizzate a fare un unico versamento annuale.
I free riders (come usualmente, ma impropriamente, vengono chiamate le aziende inadempienti) che vogliono regolarizzare la propria posizione sono tenuti a corrispondere l'ammontare dei contributi dovuti degli ultimi quattro anni, a ritroso rispetto alla data di adesione al sistema.